Bestyrelsen på Børne U.N.I bliver valgt på den årlige Generalforsamling, der bliver holdt årligt i slutningen af april. Bestyrelsen er ansvarlig over for Undervisningsministeriet.
Bestyrelsen består af 7 medlemmer, hvoriblandt der udpeges en formand og en næstformand.
Bestyrelsen består af 4 (5) medlemmer valgt af forældrekredsen og 3 (2) eksterne medlemmer.
Desuden er der valgt tre suppleanter. Alle valgte deltager i skolens ordinære bestyrelsesmøder. Derudover deltager skolens ledelse, medarbejderrepræsentant og tillidsrepræsentant.
Bestyrelsen, der er skolens øverste myndighed, holder ca. 11 møder om året. På bestyrelsesmøderne drøfter skolens ledelse med bestyrelsen alle overordnede forhold vedrørende skolens udvikling og drift.
Den nuværende bestyrelse er valgt den 26. april 2022
Interne bestyrelsesmedlemmer
Jakob de Lemos
Ann Harpøth Thor
Christian Rohmann
Jesper Møller
Tina Legor
Eksterne bestyrelsesmedlemmer
Peter Flügge
Lasse Glavind
Suppleanter
Jonas Stræde
Kathrine Muff
Trine Panton